随着乡村振兴战略的推进，合作社的意外功能日益成为政学两界关注的重要问题。基于治理主体视角，本文分析了合作社对于乡村治理效能的影响及其机制，并利用CFD2017年和2019年数据，通过面板固定效应模型进行实证检验。研究表明：其一，合作社能够显著提升村民主体性和村委会主体性，一定程度上能够成为中国乡村治理的有效载体，但对非正式自治组织建立没有显著影响，其乡村治理功能具有局限性。其二，合作社的乡村治理效能会随合作社数量增加与规模扩大而提升，但合作社数量过多则将引致村委会主体性下降，合作社规模对村民主体性没有显著影响。其三，在中等规模、与县政府所在地的距离较近和中部地区的村庄，合作社的乡村治理效能更为明显。其四，合作社还会通过资源获取机制、产权共有机制提升村民主体性，通过激励监督机制、社会动员机制提升村委会主体性，从而提升乡村治理效能。本文研究结论为坚定把合作社作为乡村治理有效载体的政策信心提供了经验证据，为引导合作社发挥乡村治理功能、推动乡村善治提供了重要启示。