本文运用“双轨制”转型这一分析框架考察农村集体建设用地市场化配置改革。研究发现，基于内外有别的集体建设用地配置逻辑，集体建设用地入市应当采取“双轨制”转型策略，在不触动原有的集体建设用地供地许可制度的前提下，从允许经营性用途的集体建设用地入市开始，让市场化配置和行政方式配置并行，先由行政方式在集体建设用地配置中发挥主导作用，再逐步由市场化配置取得主导地位。原有的集体建设用地供地许可制度是面向农村集体经济组织或其成员使用本集体建设用地的特惠性制度安排，属于行政方式配置土地的范畴，而新引进的集体经营性建设用地入市制度则是面向各类市场主体使用集体建设用地的普惠性制度安排，代表了集体建设用地入市“双轨制”转型的方向。集体建设用地供地许可和集体经营性建设用地入市在静态结构上交织嵌套、在功能适用上重叠竞争、在动态演进中双向耦合，推动着“双轨制”转型过程中二者此消彼长和主辅易位。集体经营性建设用地入市改革要防止“假入市，真许可”，遵循“缩面、限权、公开和赋能”四个原则，与集体建设用地供地许可制度改革联动，分阶段有步骤地推进集体建设用地入市“双轨制”转型。