本文以中国自由贸易区战略实施作为准自然实验，使用PSM—渐进DID、中介效应检验等方法，并基于协定条款异质性视角分析自由贸易区建立对中国出口农产品质量的影响及其内在机制。研究表明：自由贸易区建立总体上降低了中国向自由贸易区伙伴国出口农产品的质量，而自由贸易区战略的深入推进有利于中国出口农产品质量的提升；降低农业企业进入出口市场的生产效率门槛和扩大对中低收入国家低质量农产品出口，是中国出口农产品质量下降的重要机制。从协定条款的间接效应来看，以农产品关税削减和非关税壁垒取消为重点的浅层条款导致了中国出口农产品质量下降，而以投资便利化、技术合作和农业合作等为重点的深层条款有利于中国出口农产品质量升级。当前，中国正处在从“贸易大国”迈向“贸易强国”的攻坚期，本文对于中国如何推动自由贸易区战略实施同时加快提升出口农产品质量提供了新的思路。