本文从城镇化进程中农户乡城迁移和农业转型发展要求农地流转出发，首先构建理论模型分析农地流转不畅对农业生产率的影响，然后利用中国黄淮海农区5省18县（市、区）708户小麦种植户的一手调查数据，在处理内生性和选择偏误的基础上，采用处理效应模型估计了农地流转不畅造成的小麦产量损失，并进行了稳健性检验。研究结果表明：想流出或流入农地却不能实现，会显著影响农户的小麦产量。从平均处理效应（ATE）看，想减少或扩大经营规模的农户不能流出或流入理想规模的农地，会造成12.16%的小麦亩均产量损失。基于加权最小二乘（WLS）估计的稳健性检验发现，这一结论具有很好的可靠性。为了提高农业生产率，应尽快消除农地流转的各种障碍，推动农村人地资源优化配置。